2000 a 2008

Timbaland produjo durante este periodo canciones como "Roll Out (My Business)" de Ludacris, "Hola' Hovito" de Jay-Z, "Raise Up" de Petey Pablo y "Diamond Dogs" de Beck, un cover del tema original de David Bowie, además de contribuir en el álbum de remixes de Limp Bizkit titulado New Old Songs, en 2001. También produjo tres canciones (que posteriormente se convertirían en singles) del tercer álbum de Aaliyah: "We Need a Resolution" con la colaboración vocal del propio Timbo, "More Than a Woman" y la balada "I Care 4 U".
Indecent Proposal, el segundo álbum de Timbaland & Magoo juntos, había sido programado para su liberación en noviembre del año 2000, y contó con la colaboración de Beck, Aaliyah, y los nuevos protegidos de Timbaland (quien algunos de ellos habían sido firmados para su nuevo sello discográfico Beat Club Records): Ms. Jade, Sebastian, Petey Pablo y Tweet (miembro de Sugah durante los días de Swing Mob). El álbum fue retrasado hasta un año entero, finalmente lanzado al siguiente noviembre, y siendo una decepción comercialmente hablando. Los vocales de Beck en la canción "I Am Music" no fueron incluidos en la versión final, siendo reemplazado por Static (Steven Garrett) de Playa y Aaliyah, fallecida en un accidente de avión tres meses antes de la liberación del álbum. La pérdida de Aaliyah afectó profundamente a Timbaland, cuyo trabajo fue menos omnipresente después de 2001.
A finales de 2003, Timbaland contribuyó con el segundo álbum de Bubba Sparxxx, Deliverance, y el tercero de Timbaland & Magoo, Under Construction, Part II.
Timbaland continuó produciendo singles exitosos y canciones para artistas; en 2004 lo hizo para LL Cool J, Xzibit y Jay-Z, además de producir la mayor parte del cuarto álbum de Brandy, Afrodisiac. Nuevos temas de artistas como Tweet y The Game fueron lanzadas en 2005.
En 2005, Timbaland produjo una canción en los álbumes de Tweet y The Game ("Steer" y "Put You on the Game" respectivamente). Hizo lo mismo en el sexto álbum de Missy Elliott, The Cookbook, aunque con dos canciones: "Joy" con Mike Jones y "Partytime". En Rebirth, quinto álbum de Jennifer Lopez, también contribuyó.
Timbaland creó un nuevo sello, Mosley Music Group, de nuevo bajo Interscope. En él están las cantantes Nelly Furtado y Keri Hilson, y el rapero D.O.E.. El tercer álbum de Furtado, Loose, fue lanzado bajo MMG en junio de 2006, debutando #1 en las listas de Estados Unidos, y hilson debutó posteriormente en el mercado2007. Timbaland además también ha trabajado con Whitney Houston, JC Chasez, Muse, Nas, Diddy, Foxy Brown, Ludacris, Chingy, The Game, Nicholas Strunk, Chilli de TLC, Tweet, Björk, JoJo, Rich Boy, Ja Rule, Eve , Beenie Man y muchos más.
En 2006, Timbaland ha producido dos singles de éxito masivo como son "Promiscuous" de Nelly Furtado y "SexyBack" de Justin Timberlake. También ha declarado que producirá futuros singles para Britney Spears, Ludacris, Tweet, Nicholas Strunk, Chingy y The Game.
En el año 2008, Timbaland ha estado trabajando entre otros, nada mas y nada menos que con la Reina del Pop, Madonna, en su más reciente y exitoso trabajo, Hard Candy, en canciones como 4 Minutes o Miles Away, consagrándose así como el productor de moda de los últimos años. También ha estado trabajando con las Keri Hilson o Pussycat Dolls, con las que ya trabajó en el año 2005 en el tema Wait A Minute. Uno de los deseos de Timbaland es trabajar con Madonna, Beyoncé y Rihanna. Sueño que ha realizado, ya que en estos momentos está trabajando en el nuevo disco de esta, produciendo alguno de los temas. El álbum se pondrá a la venta en noviembre de 2008.Trabajo junto con los New Kids On The Block en su nuevo álbum después de 14 años llamado "The Block" en el tema "Twisted".lanzado al mercado en septiembre de 2008.